Depuis la loi du 15 juin 2000, il est très précisément exprimé dans l’article préliminaire du code de procédure pénale: « la procédure pénale doit être équitable et contradictoire et préserver l’équilibre des droits des parties. Elle doit garantir la séparation des autorités de l’action publique et des autorités de jugement… ». Ce principe permet de réaliser une meilleure protection des libertés individuelles.

La fonction de poursuite est exercée par le ministère public alors que la fonction d’instruction est assurée par le juge d’instruction. Ceci assure au juge d’instruction une indépendance renforcée par rapport au parquet. La séparation des 2 fonctions n’implique pas une absence totale de liaison entre les deux types d’attribution mais elle ne doit pas conduire à la primauté d’un organe sur l’autre.

La fonction d’instruction c’est-à-dire de recherche des preuves est assurée par le juge d’instruction. La fonction de jugement est assurée par les juridictions de jugement. Ceci implique qu’un magistrat qui a eu une véritable activité d’instruction ne puisse pas siéger dans la formation amenée à juger la personne contre laquelle il a instruit. Les magistrats peuvent siéger aussi bien en matière civile qu’en matière répressive.

La fonction de poursuite est exercée par le ministère public alors que la fonction de jugement appartient aux juges du siège. Ceci signifie que le ministère public qui a personnellement participé à la poursuite du délinquant ne peut faire partie d’une formation de jugement appelée à statuer sur le cas de la personne poursuivie. Ceci signifie également que les juridictions de jugement ne peuvent pas exercer la poursuite puisqu’elle est réservée à un corps de magistrats spécialisés.